A Diretoria é composta pelo professor Edson Capello (Presidente) responsável pela Coordenadoria de Convênios e Projetos, e pelo professor Max José de Araújo Faria Junior (Vice-Presidente) responsável pela Coordenadoria Didática e Científica.

A Assessoria Jurídica assessora a Presidência e demais Departamentos da Fundunesp em assuntos de natureza jurídica, realizando atividades consultivas e contenciosas.

A Gerência Administrativa e Financeira é responsável pelas atividades técnica e operacional da Fundunesp. Dentro de suas aptidões e atividades dá o devido suporte para o desempenho dos trabalhos propostos pela Diretoria. A ela estão ligadas as Unidades de Finanças e Tesouraria, Recursos Humanos, Contabilidade e Patrimônio, Compras e Importação, Informática, Almoxarifado e Serviços Gerais

A Coordenadoria de Convênios e Projetos (CCP) é a interface entre a Fundunesp, o Coordenador e os apoiadores de projetos de ensino, pesquisa ou extensão. Também internamente, é a principal interface administrativa demandando e produzindo informações para os demais setores da Fundunesp.
Respeitando os limites estabelecidos na legislação, os técnicos da CCP são treinados para atender às demandas dos apoiadores e coordenadores, além de dar suporte ao trabalho dos coordenadores na construção de novas propostas de parcerias com instituições públicas ou privadas, atuando também na orientação, análise e gerenciamento de projetos ligados ao PIB – Programa Institucional de Bolsas, bem como a proposição, o apoio e a avaliação de cursos e eventos.